Saison 21 à 23

Sixième incarnation du Docteur

Un des premiers rôle pour lequel Colin Baker est engagé est le rôle principal d'une adaptation par la BBC de la trilogie de Jean-Paul Sartre Les Chemins de la liberté. En 1972 il joue le personnage d'Anatole Kouraguine dans une adaptation du livre de Léon Tolstoï La Guerre et la Paix. Durant les années 1970 il devient assez connu pour son rôle du méchant Paul Merroney dans la série The Brothers de 1974 à 1976. Il tient aussi le rôle du prince héritier Guillaume de Prusse dans le dernier épisode de la série historique La Chute des aigles.

En 1980 il apparaît dans un épisode de la série de science fiction Blake's 7 et en 1983, il joue dans une mini-série nommée The Citadel adapté du roman de A. J. Cronin.

Doctor Who

En 1983 Colin Baker fait une première apparition dans la série Doctor Who dans l'épisode « Arc of Infinity » dans le rôle de l'arrogant Commandant Maxil. Il est alors remarqué par le producteur de la série, John Nathan-Turner. Quelques années plus tard, l'acteur jouant le Docteur, Peter Davison quitte le rôle et Nathan-Turner se tourne vers lui. Baker se dit alors assez étonné, pensant que le fait d'avoir joué un rôle secondaire dans la série lui fermerait cette porte.

La première apparition du Docteur joué par Baker a lieu à la fin de l'épisode « The Caves of Androzani » où il offre ses premières répliques et la fin de l'épisode montre le visage de Colin Baker à la place de celui de Davison.

La série sera interrompue par un hiatus de 18 mois en 1984 imposé par le directeur de la BBC, Michael Grade. Celui-ci critiquait la violence de la série et imposa cet arrêt provisoire afin de remanier les scénarios. La série retournera à l'antenne pour sa vingt-troisième saison avec un épisode long d'une saison entière et intitulé The Trial of a Time Lord ce qui reflétait le fait que la série était "en procès" à cette époque.

La saison ne fut pas un succès et à l'été 1986, Grade demande le renvoi de Colin Baker. Après de nombreuses négociations, Baker refuse de revenir sur le tournage de la série afin de tourner la scène de la régénération entre lui et Sylvester McCoy. La régénération se fera lors de l'ouverture de l'épisode « Time and the Rani » avec McCoy portant une perruque blonde afin de simuler les cheveux de son prédécesseur.

Baker se dira déçu de son renvoi, étant persuadé qu'il aurait pu rester à l'antenne pendant « au moins huit ans ». Toutefois, il ne tourne pas tout à fait le dos à la série et accepte, du 5 juin au 19 août 1989 d'apparaître une nouvelle fois dans le rôle dans une pièce de théâtre nommée Doctor Who - The Ultimate Adventure en remplacement de Jon Pertwee qui était tombé malade. Il écrit aussi une nouvelle tirée de la série, The Deal, ainsi que des scénarios de BD publiées dans le Doctor Who Magazine. En 1993, il reprend brièvement le rôle aux côtés des autres incarnations du Docteur dans l'épisode spécial consacré aux trente ans de la série « Dimensions In Time. »

Il accepte de présenter des vidéos autour de la série, de faire une voix pour un jeu vidéo Doctor Who: Destiny of the Doctors et de fournir des commentaires audio pour les DVD. En 1991, Baker joue un personnage proche du Docteur dans une série en "direct tout pour la compagnie Bill & Ben Video et nommée "The Stranger" ("l'étranger") dans lesquels de nombreux anciens acteurs de la série Doctor Who reviennent.

En 1999, il se tourne aussi vers des productions audiophoniques tirées de la série. En juin 2014, il aura joué dans 84 d'entre elles. Le 4 septembre 2011, il accepte la présidence du 'The Doctor Who Appreciation Society'5

En novembre 2013, Baker avec Davison et McCoy joue dans un court-métrage comique hommage à la série nommé The Five(ish) Doctors Reboot

Episode 7 – The Twin Dilemma

Episode 1 –Attack of the Cybermen
Episode 2 –Vengeance on Varos
Episode 3 –The Mark of the Rani
Episode 4 –The Two Doctors
Episode 5 –Timelash
Episode 6 –Revelation of the Daleks

Episode 1 –The Mysterious Planet
Episode 2 –Mindwarp
Episode 3 –Terror of the Vervoids
Episode 4 –The Ultimate Foe